Цитата
If an in-memory temporary table exceeds the limit, MySQL automatically converts it to an on-disk MyISAM table. Increase the value of tmp_table_size (and max_heap_table_size if necessary) if you do many advanced GROUP BY queries and you have lots of memory.
Дело в модели памяти, используемой для хранения. Формат хранения в памяти (возможно innoDB) оптимизирован для операций группировки…