Ставьте Eclipse 3.7 Indigo (пока RC, но скоро выйдет в релиз):
www.eclipse.org/downloads/index-developer.php
С ним идёт Eclipse Web Tools, который поддерживает HTML5 и CSS3.
PS: чтобы включилась поддержка HTML5 и CSS3, может понадобится обновление проекта. Идём в свойства проекта, Project Facets, добавляем фасеты JavaScript и Static Web Module. Закрываем свойства проекта и снова открываем, появится настройка Web Content Settings, там дальше разберётесь.