Потому что множество библиотек и инструментов изначально разрабатывались под Linux системы, например Apache, MySQL. Потом они были адоптированы к Windows. Использоваться в большенстве случаев тоже предполагается на боевых площадках под Linux. Конечно, если вы делаете домашнюю страничку то можно и на Винде. Но если у вас большое web приложение которое прилизано под определенное окружение, зависит от особенностей библиотек именно этого билда - то тут только Linux.