cat_crash

Как представитель «не особо большого» представителя ИТ сферы с своим продуктом в вебе могу сказать что довольно тяжело будет пройти до реальных продакшен проектов сходу. Я никогда не допущу джунииор кода до настоящего продакшена. Максимум — это до внутренних систем где критичность отказоустойчивости не такая высокая.
В крупных ИТ компаниях думаю такая же политика. Слишком велик риск получить плохой некачествинный небезопасный код

Юзаем у себя ActiveCollab. В идеале она платная, но при правильном пользовании гуглом этот нюанс можно обойти. Стоит или нет — решать Вам

Ничем. Zend, Ioncube и т.д. — это больше защита от дураков.
В виду особенности реализации такие языки как .net, Java, JS невозможно защитить, т.к. они выполняются не напрямую процессором а в виртуальной машине.
Как вариант — обусифицировать код до нельзя. Тем самым вы сделаете его практически не читаемым, тяжело изменяемым, но абсолютно рабочим.

А по хорошему — если боитесь за свою уникальную разработку… и она по истине является уникальной и такой востребованной — ее продавать надо по принципу SaaS