Если я правильно понял, сервер загружается и виснет когда стартует 2 ВМ. Кто мешает вам остановить загрузку 2 ВМ пока она еще не загрузилась? Первый все равно стартует гипервизор ESXI.
Если это вариант не поможет, я бы вынул винт, подключил его к другому гипервизору, переместил туда 2 ВМ из за которой место уходит в 0. Потом бы разбирался с свободным местом.