arrList это список ссылок на другие списки, т.е. когда вы делаете
arrList.Add(anyArr);, то вы добавляете в общем список ссылку на другой список. Поскольку вы создали его всего однажды, то вы добавляете всегда одну и туже ссылку, которая ведет на один и тот же участок памяти. Редактируя эту память, вы одновремено изменяете все списки в общем списке. Сделать как вы хотите можно так:
List<object[]> arrList = new List<object[]>();
object[] anyArr = new object[5];
for (int i = 0; i < 6; i++)
{
anyArr - каждую итерацию цикла for содержание одномерного массива меняется.
arrList.Add(anyArr.ToArray());
}
При
arrList.Add(anyArr.ToArray()); будет создаваться новый список и уже ссылка на него будет добавляться в общий список.
UPD. Зменил ToList на ToArray