Как решить проблему с кодировкой в java проекте когда он в utf, а данные в win1251?

Более правильное решение будет через параметры соединения, переданные через Properties

jaybirdwiki.firebirdsql.org/jaybird/doku.php?id=co...

Проблем с кодировкой нет ни под Windows, ни под Linux