Добрый день. Тоже мучался с данным вопросом, но разобрался, вдруг кому поможет.

Мне нужно было исходя из комментария к заказу заполнять реквизит Организация и некоторые другие параметры в документе "Заказ Клиента":

НаименованиеОрг = [Документ].Комментарий;
[Результат] = Справочники.Организации.НайтиПоНаименованию(НаименованиеОрг);

*Это только пример.
** Нужно не забывать о том в каком порядке заполняются реквизиты документа, то есть в моём случае сначала заполнялся комментарий "Из документа XML", а уже потом заполнялась организация.

На всякий случай оставлю здесь ещё пример работы с "основанием". Заполнение реквизита "Организация" в документе оплаты "Эквайринговая операция".

ЗаказОснование = Документы.ЗаказКлиента.ПустаяСсылка();
ЗаказОснование = ПолучитьОснование([ДокументXML], Тип("ДокументСсылка.ЗаказКлиента"));
[Результат] = ЗаказОснование.Организация;