Никак, скорее всего видео у вас пишется с соотношением сторон 16:9 (или 21:9), но главное, что это значит для вас - черные поля реально есть в видео, это не пустое место. Программа их от видео, несущего информацию, не отличает. В вашем случае порядок действий таков:
1) Разворачиваете видео горизонтально через motion - rotation. (Что Вы сделали)
2) Увеличиваете видео через motion - scale, пока черные поля не исчезнут и видео не начнет занимать весь кадр.
Если соотношение сторон не правильное, то либо меняете разрешение последовательности в sequence settings, либо растягиваете дальше через тот же scale и обрезаете часть видео.
В настройках последовательности вы всегда можете установить нужное вам разрешение и вручную кадрировать видео как вам хочется.