Очень похоже на то, что файлы из этих папок хранились в OneDrive с включенным режимом экономии места, когда они на диске лежат не скачанные, а качаются только по запросу при попытке открыть их и т.п. Вот и получилось, что файлы есть, но их нет. Скорее всего и размер у них нулевой. В этом случае файлы лежат в OneDrive и выгружать их нужно оттуда.