У тебя какая-то каша в голове.
> я хотел бы установить чистую ОС на новый SSD
Я бы просто склонировал раздел с системой или даже весь диск на SSD, если размер позволяет. Потом очистил бы HDD и скинул на него всё, чему не требуется большая скорость случайного доступа (изображения, музыка, видео).
> что произойдет с ОС и уже установленными программами на моем HDD
Они будут лежать на HDD. Если собираешься с нуля ставить систему, то можно даже удалить, если старую систему использвать не планируешь.
> будут ли видны эти программы на SSD
Если скопируешь файлы, то будут. Сами не переползут.
> или же надо будет как-то настраивать обоюдную работу дисков
Ну был в системе один диск, стало два.
Программы ставишь на SSD для скорости. Музычку-видосики хранишь на HDD. Стандартный усредненный сценарий использования SSD и HDD.
