blah_dah

Для ЕГЕ лучше не шаблонизировать а делать от руки. Больше в голове задержится.

Для "продакшена", если нет возможности разделить это логическо, и исходить исключительно из количества, то в идеале нужно делать так, чтобы не было слишком много или слишком мало каталогов в списке и добиваться минимальной возможной глубины

Кто мешает совместить? Можно набросать скрипт, который пробежит по папкам и автоматически создаст ссылки.

.
├── olymp
│   ├── math
│   └── physics
├── USE
│   ├── math
│   └── physics
├── math
│   ├── olymp (символьная ссылка на /olymp/math)
│   └── USE   (символьная ссылка на /USE/math)
└── physics
    ├── olymp (символьная ссылка на /olymp/physics)
    └── USE   (символьная ссылка на /USE/physics)