Composer вам не поможет, т.к. это менеджер пакетов, шаблон проекта это не библиотека.
Ваша задача может решиться примерно так
# Clone just the repository's .git folder (excluding files as they are already in
# `existing-dir`) into an empty temporary directory
git clone --no-checkout repo-to-clone existing-dir/existing-dir.tmp # might want --no-hardlinks for cloning local repo
# Move the .git folder to the directory with the files.
# This makes `existing-dir` a git repo.
mv existing-dir/existing-dir.tmp/.git existing-dir/
# Delete the temporary directory
rmdir existing-dir/existing-dir.tmp
cd existing-dir
# git thinks all files are deleted, this reverts the state of the repo to HEAD.
# WARNING: any local changes to the files will be lost.
git reset --hard HEAD
взято отсюды
stackoverflow.com/questions/2411031/how-do-i-clone...
Нужно только поиграться с git... И всё это при условии что Вы все собственные коды будете делать наследуясь от шаблонных, а конфиги писать только заигноренные.
Лучше взять самую стабильную версию шаблона, а при крайних мерах править ручками, имхо =)