Тест для выявления различий в трех группах - это так называемый ANOVA-тест, т.е. тест на проверку различий в дисперсиях.
Соответственно, пермутационный тест в данном случае тоже должен смоделировать этот тест.
Как это сделать - можете посмотреть вот тут
https://math.stackexchange.com/questions/1189063/p...
Я конечно понимаю, что врят-ли вы когда-либо программировали на R. Но последовательность действий там вполне понятна, а соответственно переложить этот скрипт на Python затруднений вызвать не должно.
P.S. На всякий случай - ANOVA реализуется в Python с помощью функции f_oneway() пакета scipy.stats