Делать сегодня магазины под каждый регион по моему опыту уже не так актуально. Как правильно заметили выше, контент должен отличаться хотя бы наличием города в описании, который будет меняться и уникальными контактами. Это имеет смысл, если у вас есть представительства в этих городах.
Что касается платформы то посмотрите в сторону CS-Cart. Поддерживает неограниченное количество витрин, дешевле и удобнее Битрикса. Работаем с ней уже много лет.