belk

Блокировка системы из командной строки:

RUNDLL32.exe USER32.dll,LockWorkStation

Вот.

А что с виртуализацией? HKLM\Software входит в список виртуализирующихся расположений.

OSzone: Защита системных файлов с помощью виртуализации UAC

Microsoft: Статья для разработчиков под Windows Vista: требования к разработке приложений с точки зрения механизма управления учетными записями пользователей (UAC) → Файл справки → User Account Control → References