Если у вас не используется нетворк менеджер для поднятия сети, то можно прописать в конец /etc/network/interfaces post-up iptables-restore < /etc/iptables.rules
Предварительно применив правила и сохранив их в этот самый файл iptables.rules коммандой $ iptables-save > /etc/iptables.rules
Встречал такую штуку, причина была в том что ATI драйвера некоректно отрабатывали GPU ускорение flash player(а может и наоборот), попробуйте поставьте версию flash без GPU ускорения помойму просто 10 и потестировать!
