как вариант - можно попробовать откатить прошивку. новая запросто может иметь хитрые косяки
а так, как уже сказано - S.M.A.R.T. наше все. родная утилита может и перехваливать
ps то что под линуксом проблема не проявляется, навевает вирусные сомнения. вы же говорите что установка винды без проблем. возможно потом вы ставите что то еще, не "стерильное"? если винда не лицензия, может активаторы виноваты? как вариант - пожить пару дней без стороннего софта и активации