beastea

1) .bash_profile -- это не история, сам он никогда не обновляется, шелл его сам не перепишет. Его редактирует только пользователь вручную.
2) Надо смотреть на месте, все конфиги в целом. Вообще, по умолчанию, историю bash сохраняет при выходе. Это поведение можно изменить, если Вы считаете, что игра стоит свеч (ключевые слова "history -a" чтобы сохранить и переменная "PROMPT_COMMAND", чтобы делать это после каждой команды).

Если стоит задача сделать что-то рабочее, хорошим выходом будет нанять системного администратора. Или, как советовали выше, взять готовое решение. Что хуже тем, что его тоже надо пилить напильником, чтобы всё было так, как надо.

Если стоит задача разобраться, стоит не искать готовые мануалы, а прибегнуть к прочтению и осмыслению документации всех элементов системы, и использовать мануалы как некую общуу схему, не более.