Сделать коллекцию частью другой коллекции стандартными методами не получится. Почему бы просто не добавлять модель в общую коллекцию и в коллекцию в модели?

var Model = Backbone.Model.extend({
    collection: null,
    initialize: function(){
        this.collection = new Collection();
    }
});

var Collection = Backbone.Collection.extend({
    model: Model
});

var collection = new Collection([{}]),
    submodel = new Model({});

collection.add(submodel);
collection.at(0).collection.add(submodel);

console.log(collection.at(1) === collection.at(0).collection.at(0)); // true

jsfiddle.net/bazilio91/rpuT8

frontender.info

Какой смысл создавать коллекцию для стран и городов?

IMHO, нужна только модель формы. Остальное писать ручками. Зависимости город\страна рендерить по событию изменения модели\DOM (Marionette.View может сильно облегчить жизнь). На каждый change страны рендерить заново форму(проще)\инпут(чуть сложней).

И да, всегда есть готовый велосипед:
https://github.com/powmedia/backbone-forms

https://github.com/powmedia/backbone-deep-model может помочь. Там при присвоении используется deep extend.