Поставить на корневой элемент окна style="display:none;" Происходит это из-за отложенной загрузки css файлов.
Вариант 2: Грузить содержимое AJAX'ом и вставлять в код страницы то первому клику.
UPD
Вариант 3: Вероятно у html содержимого, который грузит этот скрипт, есть class или id, попробуйте скрыть его в своих стилях
