Очень сложно переехать с таким зоопарком на линукс в общем случае.
Насчёт выпилить wrapper.dll не очень понятно. Очевидно, это JNI-либа, которая дёргает уже какую-то левую target.dll. Вызывать напрямую в вашем случае практически нереально.
Я писал вместо wrapper.dll консольную утилитку, которая дёргает target.dll, а с ней общался через stdin/stdout. Более негеморное решение я придумать не смог.
