Анатолий Медведев

в угоду производительности выборки комментариев лучше разделить, но я бы для начала поставил вопрос о том нужно ли разделение на две разных таблицы новостей и статей, это же суть одно и тоже (заголовок, теги, тело и +- пара полей).

По кодировке php.net/manual/ru/function.iconv.php

500 Кб

грузить каждый раз заново такое кол-во, пусть даже и глубокой ночью по Cron, в MySQL — не есть хорошо

Это мизерное количество, почему не хорошо? Тем более если всего раз в день.

И да используй хотя бы PDO

Вот неплохое руководство для старта, от него как минимум можно начать отталкиваться.
getjump.me/ru-php-the-right-way

PHP слишком простой язык для того что бы уделять время на книжку по нему.

Думаю проблема в этом

Для начала установи нормально с помощью инсталлера dev.mysql.com/downloads/windows/installer/5.7.html