azesmhook

Если посмотреть на методы Add и Update класса CIblockElement то обновление выполняется следующим кодом:

if(array_key_exists("IBLOCK_SECTION_ID", $arFields))
{
    if (!array_key_exists("IBLOCK_SECTION", $arFields))
    {
        $arFields["IBLOCK_SECTION"] = array($arFields["IBLOCK_SECTION_ID"]);
    }
    elseif (is_array($arFields["IBLOCK_SECTION"]) && !in_array($arFields["IBLOCK_SECTION_ID"], $arFields["IBLOCK_SECTION"]))
    {
        unset($arFields["IBLOCK_SECTION_ID"]);
    }
}

Таким образом если вы будете передавать IBLOCK_SECTION_ID и не будете передавать массив других разделов - IBLOCK_SECTION, то они будут обнулены.