Как программно задать элементам инфоблока основной раздел, не сбрасывая все остальные?

Решил проблему вот так
$arLoadProductArray = Array(
"IBLOCK_SECTION_ID" => $root,//id корневой секции
);
$res = $el->Update($ob['ID'], $arLoadProductArray);

$arLoadProductArray = Array(
"IBLOCK_SECTION" => $sections//остальные секции, включая корневую
);
$res = $el->Update($ob['ID'], $arLoadProductArray);

Сначала задаем корневую секцию, затем передаем все разделы.

Почему NGINX отдает свою 404 вместо шаблона 404.php и как это исправить?

И как же тогда решить проблему?