1) скрипты и стили подключаются через functions.php
2) В ВП уже есть jquery, если вы хотите удалить его и добавить свою версию (более свежую например), то сперва сделайте wp_deregister_script()
Пример:
function register_styles_scripts() {
wp_deregister_script('jquery');
wp_register_script('jquery', get_template_directory_uri() .
'/js/jquery-3.2.1.min.js');
wp_enqueue_script('jquery');
}
add_action('wp_enqueue_scripts', 'register_styles_scripts');
Не забывайте, что если вы исопльзуете бутстрап, то jquery, popper подключаются до скрипта бутстрапа.
Другой момент нужно глянуть сам код jquery. Если есть символы $ то замените на jQuery
или же используйте следующее:
$.noConflict();
jQuery( document ).ready(function( $ ) {
.........
});
