Условные комментарии не работают начиная с 10 версии.
Для того, чтобы посоветовать вам какое-то решение проблемы, нужно увидеть весь код. По тому куску, что вы выложили, могу сказать, что у вас там происходит что-то странное и как раз то, что выдает IE больше похоже на правду.
По своему опыту скажу, что начиная с IE8 мне ни разу не пришлось использовать какие-то хаки, так что, весьма вероятно, вы где-то стреляете себе в ногу.
