Снимаю кино и видео 17 лет. из них 5 работаю исключительно под Linux. В общем, после разного рода самостоятельных экспериментов, проб и ошибок могу посоветовать следующий toolchain:

kdenlive — однозначно лучшая монтажка. На нем же удобно делать отбор материала (в том случае, если ваш материал на ленте с таймокодом или без).

Blender — композинг и 3D. Если вы работали ранее в AE, то вам будет с непривычки непросто, особенно если вы не имели дело с какими-либо node-оринетированными композинг инструментами.

Еще для композинга есть отличный Nuke. Он, возможно, лучший вообще в своем роде, AE в подметки не годится, но он коммерческий. Есть бесплатная версия с ватермарками.

Вообще, по старинке можно запустить 7.5 версию AE под wine. Она отлично и весьма стабильно работает. Использую время от времени. Есть два полезных трюка:
1. AE использует только 2ГБ, чтобы выделить больше, надо в boot.ini прописать команды /PAE и /3GB
2. нажмите Shift key и выберете Preferences… там появится вкладка «Secret». добавьте в тектовое поле «20», больше ничего не меняйте. Это убережет AE от падений при просчете.