хендбук по freebsd — есть на русском — мир юникс.
хендбук по дебиан — есть на русском, по дебиану и убунтоподобным — один из старейших, наравне со слакварью, дистрибутивов.
хендбук по генту — конструктор «Собери Сам!» при желании «собрать самому», помоему, тоже есть под линукс.
книги по редхату — для rpm-основанных дистрибутивах.
плюс книгу по bash — для того чтобы понять, что такое шелл-скриптинг, оно же *.bat в ms-dos.
плюс книгу по написанию шаблонов — паттернов, они же регекспы
плюс, лично мне очень понравился хендбук по питону и mysql, достаточно легкий и достаточно популярный ЯП и субд, которая чаще всего используется на хостинге для систем управления контентом сайтов — wordpress, joomla, drupal.
ну дальше уже — apache/nginx, почтовые системы — sendmail, posfix, exim.
Успехов в изучении
Я изучал юникса по первым трём пунктам — с головой хватило.
