Вопрос снимается.
Microsoft Keyboard Layout Creator версии 1.4 прекрасно работает под 64 битной виндой.
Мне надо было просто включить голову и не использовать спецсимволы в названии проекта, т.к. из названия проекта он делает имя папки, куда сохраняет готовый установщик.
