ну самый простой пример: есть у тебя сайт на проде domain.ru
хочешь ты сделать еще dev - создаешь папку dev.domain.ru и копируешь туда сайт.
но у тебя еще есть папка upload на несколько сотен терабайт. а без этой папки сайт на деве работать не будет.