У вас в контроллерах почему-то модели хранятся. То есть четкого разделения модель/контроллер нет — при тестировании возникнут проблемы.
Читали
phptherightway.com?
Также, как правило, в открытом доступе оставляют только точку входа - index.php, остальной код приложения размещают на уровень выше. Например, в папку app. То есть структура примерно такая:
app/
-controllers/
-models/
-...
public_html/
-index.php
-images/
-css
-js/
-...
nbproject в .gitignore следует закинуть. Да и вообще настройки любой IDE следует держать на локалке, чтобы не мусорить в гите.