Знакомая проблема. Нужно в таблице учёта платежей ставить статус оплаты, например, 0 - не оплачен или 1 - оплачен и проверять перед начислением на баланс сайта. Я в своё время общался с обраткой Payeer, они поясняли, что они дублируют отправку ответа (не только в тестовом режиме), но если честно я не уточнял сколько именно раз, мне достаточно было только того, что дублируют.
