Отвечу со своей колокольни - пока вы пишите проекты для себя, то никаких проблем и вопросов, но как только вы начинаете продавать подобное клиентам, то им с этим в будущем как-то жить, с вами на поддержке или без вас.
И в целом своя архитектура в проекте очень расслабляет, если она изначально четко и грамотно не описана. Много раз сталкивались, что от заказчика приходит проект на доработки, который сделали либо фрилансеры, либо студии на самописных движках, по сути похожих на то, что вы показали (процедуры, прямые обращения в базу и тд). Там прослеживается четкая последовательность - в первых-вторых-пятых версиях все еще более-менее адекватно и можно поддерживать (если вникнуть, конечно), но через пару лет развития своей рукописной CMS неизбежно появление говнокода, который появился "ненадолго, временно залатать пару ишьюсов". И это все тянется в новые версии, ставится заплатка на заплатку, и в итоге превращается в огромную вонючую неподдерживаемую кучу.
И после поддержки таких проектов достаточно посмотреть на проекты, например, на рельсах, которые развиваются на протяжении 2-3 лет, и становится очень приятно, что не нужно ломать голову.