Я лично сторонник того, что в процедуры запросы надо выносить всегда. Т.е. вообще и абсолютно. И тут всего два аргумента, но они весьма весомы, если подумаете:
1. Юзер не имеет прямого доступа к таблицам. В случае запросов в коде - придется что-то с этим решать, да? Либо давать права каждому, либо придумывать некий общий логин, но тогда не отследить просто, кто и что в базе поменял.
2. Прекомпиляция запросов, работа со статистикой. Если запросы делать не в процедурах - то перед выполнением они будут компилироваться - и так каждый раз. Банальности в процедурах - не беда.
Ну и последнее. Внезапно возникает решение переделать код на другой язык/систему. Если вся серверная логика, как положено, на сервере - переделок будет значительно меньше, чем если лазить по всему коду и переписывать это еще раз в другую систему.