LA - это, грубо, количество процессов в бывших в статусе R (и не только в нем, например еще значение имеет стутс D) в единицу времени. Т.е. если у Вас есть несколько вялотякущих процессов не нагружающих физические подсистемы сервера то, но при этом не могущих быстро завершиться, например из-за медленного поступления данных по сети, то LA высок, хотя по факту физические ресурсы сервера занружны не будут. Но это не точно и не совсем так, это грубо. И исходя из такой ситуации LA может быть высок, но полезные запросы обрабатываться быстро, т.к. по факту ресурсы есть.
Как сказал Ян, нормальным считается LA 0.8-1 на ядро. Но в любом случае если поводо к нагрузке нет, т.е. на нормальный (т.е. оптимизированный не тяжелый) сайт заходит пара тройка челоек в день, высокий LA это не нормально и Вы правильно озадачились.
Тут можно Вам посоветовать, начать смотреть через top, htop процессы в статусе R и D, как я уже упоминал, и найдя такие, просматривать через strace и lsof, что они делают и куда ломятся. Это самое простое, но часто помогает.
Плюс еще может помочь atop с опцией -r в режиме через кнопку p (вроде, она должна отвечать за суммарное количество ввзванных процессов в промежуток измерения, по умолчанию 10 минут), ибо вдруг процессы быстро запускаются и завершаются, быстрее чем в промежутке обновления top/htop(особенно учитывая, что у Вас wa небольшой). Стоить заметить, что в 5 и 6 центоси atop как демон автоматически не запускается после установки и не добавляется в автозапуск. В седьмой не знаю.
Ну а вообще, да, это как лечить болезнь по фотографии, без просмотра самого серевера ничего не сказать. Но нвчните с упомянутого, вдруг натолкнёт на дельную мысль.