Здравствуйте.
Не знаю актуально ли ещё.
Я бы на Вашем месте "второй" сайт так же бы завёл через cloudflare и назначил бы первому как алиас в фастпанель, по идее это не должно быть проблемой.
Но если это всё же проблема, то во первых поменяйте способ создания ссылки. Сделайте не как Вы:
ln -s /var/www/fastuser/data/www/site.ru /var/www/fastuser/data/www/m.site.ru
А следующим образом (каждая строка новая команда):
cd /var/www/fastuser/data/www/
ln -s ./site.ru ./m.site.ru
chown -h fastuser:fastuser ./m.site.ru
Если это не поможет, то я бы ещё в файле "/etc/nginx/fastpanel2-sites/fastuser/test.arakchi.net.conf" убрал бы "disable_symlinks if_not_owner from=$root_path;" (или поменял "if_not_owner from=$root_path" на "off"). Но имейте в виду что при каждом изменении настроек сайта через панель этот файл будет перезаписываться. Можно поменять через "ручную конфигурацию" в настройках сайта, но в этом случае у вас скорее всего будет заблокированы все остальные изменения через панель.