Если есть какой-то вес и возраст сайта, то просто настроить 301 редиректы со всех старых страниц на соответствующие новые, либо на главную. На выдачу конечно повлияет, особенно если контент меняется и урлы, сначала плохо потом уже в зависимости от качества нового сайта