Артур

Так countries у вас и не массив

["countries"]=>
      string(2) "FR"

Хранить текущее состояние пользователя и во время обработки его запросов отвечать в зависимости от этого состояния, менять его соответственно.

Погуглите конечные автоматы

fwrite($file, print_r($post, true));

Форма отправляет пост запрос, а можно только гет

С докером могут быть нюансы, например, ionotify не работает. Монтирование директорий работает не для всего, например директорию с данными монго я не смог смонтировать чтобы работало корректно. То есть после перезапуска докера данные в монго пропадают.

первую можно решить с помощью explode и array_unique
Вторую preg_split, array_diff, array_unique и implode