Синхронизируются только папки которые лежат в папке Dropbox, соответственно вам нужно перенести свою папку в неё.
Про ещё две папки, можно конечно сделать "хард линки" (NTFS это позволяет) но в Windows это очень не очевидно и по сути у вас в папке Dropbox будет ещё две папки (хотя физически они будут в другом месте).