Еще. Кейлоггеры конкретно для вас — пока гипотетическое явление, а кража нешифрованных паролей — практическое. Тем более что в прошлом году это явление было массовым. Пострадали многие, в том числе и я.
Я всего лишь привел пример клиента с мастер-паролем. В вашем случае троян вытащил пароли из настроек ftp-клиента. Если бы настройки были зашифрованы — этого бы не произошло.
Про кейлоггеры — разница в том, что в вашем случае использовался довольно легкий способ получения паролей. Кейлоггеры спрятать от антивирусов сложнее.
Запомните одну простую вещь: безопасность данных не должна стоить дороже, чем сами данные (в том числе — по трудозатратам). Целесообразность защиты каждый определяет сам для своего конкретного случая.