бутстрап - это инструмент и он должен использоваться там, где это разумно.
грубо можно сравнить: есть пассатижи, ими тоже можно гайки откручивать, но зачем, когда есть гаечные ключи?
ответ зависит от начальных условий, а универсальных вещей нет вообще, каждая вещь создана под определенные цели