А почему у Вас нет директивы WSGIScriptAlias?
Вот кусок моего рабочего конфига
WSGIDaemonProcess pb user=django python-path=/home/django/pb
WSGIScriptAlias / /home/django/pb/pb/wsgi.py
WSGIProcessGroup pb
Alias /static/ /home/django/pb/static/
<Directory /home/django/pb/pb>
<Files wsgi.py>
Order deny,allow
Allow from all
</Files>
AuthName NTAuth
AuthType NTLM
NTLMAuth on
NTLMBasicAuth on
NTLMAuthHelper "/usr/bin/ntlm_auth --helper-protocol=squid-2.5-ntlmssp"
NTLMBasicAuthoritative on
Require valid-user
Satisfy all
</Directory>