Все проще. Yandex вообще не поддерживает json-ld в поисковике (только в почте), поэтому нет смысла думать о его динамическом добавлении на страницах сайта.
Т.о. на страницах продолжаю использовать microdata-формат, а динамически добавляемый json-ld использую для передачи дополнительных параметров в Google.
Если точки у вас лежат где-то общим списком - добавляете их на карту в цикле.
Когда точек настолько много, что карта начинает тормозить - используйте кластеризацию.
проверил, на https запрашивает доступ к микрофону