если нужна синхронизация, то можно взять что угодно, найденное по ключевому слову ftpsync
www.google.com/search?q=ftpsynс, конкретный выбор зависит от ОС и детальных требований
Если нужна версионность, то берем любую систему контроля версий (SVN, Git, Mercurial).
