DISTINCT здесь не поможет, нужно использовать GROUP BY.
SELECT
`resources`,
`command`,
MAX(`timestamp`)
FROM
`command`
WHERE
(
(
(`user_id` = 1000196805)
AND (
`command`.`resources` LIKE '%\"14\":%'
)
)
AND (`timestamp` >= 1439856000)
)
AND (`timestamp` <= 1439942400)
ORDER BY
`timestamp` DESC
GROUP BY
`resources`
Вот только, что вернется в
command в этом запросе, mysql не гарантирует - при группировке нужно в SELECT использовать только те поля, по которым производится группировка или аггрегатные функции (MAX, например, как в данном запросе).