соответственно на выходе получить список записей, у который user_id < id по первой таблице и эти выбранные user_id не присутствуют во второй таблице
К моменту выдачи результата вы уже "исключите" записи из второй таблицы, а следовательно вас устроят все записи user_id < id по первой таблице. Чтобы избежать этого, вы должны либо завести временную таблицу, куда запихнете результат до выполнения исключения, либо сначала 1м запросом верните рузультат до исключения, запомните его в программе, затем 2м запросом исключите.
---
Если вопрос был в том, как составить запрос, используя данные 2х таблиц, то
www.mysql.ru/docs/man/JOIN.html