Исходя из своего опыта работы на забугор по договорам ИП, могу сказать, что дело в "трудовом" виде договора. Договор должен носить характер предоставления _услуг_. Переделайте договор, предоставьте _сами_ перевод (по уму, так и должно быть), и работайте, как ни в чем не бывало.
На нерезидентность пофиг, ихмо: у вас есть реквизиты ИП, у вас есть необходимые р/с и тд - никто не будет проверять ваше местоположение (я 5 лет работал на забугор, будучи прописанным в одном месте, и находясь физически в другом - это, конечно, несколько иной момент, но суть та же). Тут проблема лишь в возможных физических визитах в налоговую. Как я понимаю, вы и декларации (если у вас не патент) будете слать удаленно - тут нужно будет продлять цифровую подпись (если вообще нужно).
Т.е. все сводится к переделке договора.