Я только что обнаружил у себя такое же.
Скорее всего это не ссылки с ":443" в поисковике, это старые ссылки с HTTP на ваш сайт неправильно редиректятся на HTTPS.
Я эту проблему решил выключением редиректа c HTTP на HTTPS в ispmanager.
Прописал редирект в HTACCESS и всё устранилось.
Возможно у Вас что-то подобное, вот мой код для редиректа:

RewriteCond %{HTTP:X-Forwarded-Proto} !=https
RewriteRule .* https://%{SERVER_NAME}%{REQUEST_URI} [R=301,L]

Если у вас этот код не будет работать, то поищите в интернете другой.

Этот код (он взят по адресу который дал Василий Пупкин):

<IfModule mod_speling.c>
CheckCaseOnly On
CheckSpelling On
</IfModule>

редиректит весь URL, адреса второстепенных страниц тоже.

А код dodo512 редиректит только основной URL, без второстепенных страниц.
Если адрес второстепенных тоже в верхнем регистре, то отправляет на 404-error — это конечно лучше чем дубли страниц с адресами в разных регистрах, но по моему 301 редирект лучше.