Я только что обнаружил у себя такое же.
Скорее всего это не ссылки с ":443" в поисковике, это старые ссылки с HTTP на ваш сайт неправильно редиректятся на HTTPS.
Я эту проблему решил выключением редиректа c HTTP на HTTPS в ispmanager.
Прописал редирект в HTACCESS и всё устранилось.
Возможно у Вас что-то подобное, вот мой код для редиректа:
RewriteCond %{HTTP:X-Forwarded-Proto} !=https
RewriteRule .* https://%{SERVER_NAME}%{REQUEST_URI} [R=301,L]
Если у вас этот код не будет работать, то поищите в интернете другой.
